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殼聚糖無味、無臭、無毒性，純殼聚糖略帶珍珠光澤。生物體中甲殼素的相對分子質量為1×106-2×106，經提取后甲殼素的相對分子質量約為3×105-7×105，由甲殼素制取殼聚糖相對分子質量則更低，約2×105-5×105。在制造過程中甲殼素與殼聚糖相對分子質量的大小，一般用粘度高低的數值來表示。

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殼聚糖分子結構中的氨基基團比甲殼素分子中的乙酰氨基基團反應活性更強，使得該多糖具有優異的生物學功能并能進行化學修飾反應。因此，殼聚糖被認為是比纖維素具有更大應用潛力的功能性生物材料。

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殼聚糖分子的基本單元是帶有氨基的葡萄糖，分子內同時含有氨基、乙酰氨基和羥基，故性質比較活潑，可進行修飾、活化和偶聯。殼聚糖分子鏈上的氨基、羥基、N-乙酰氨基等會參與分子內和分子間氫鍵的形成，殼聚糖具有膨潤、擴散、吸附、保水、難以被人體消化吸收等長鏈糖分子特性，同時殼聚糖分子因為分子具有規整性在氫鍵作用下容易形成結晶區，這對材料的性能有很大的影響。

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農業殼聚糖在農業廢棄物處理方面的應用：農業殼聚糖可以與農業廢棄物進行復合處理，通過減少和轉化廢棄物，實現資源的循環利用和環境的綜合治理，在農業可持續發展中發揮重要作用。 在農業領域中，農業殼聚糖的應用前景廣闊，不僅可以提高農作物的產量和品質，減少農藥和肥料的使用，還能降低環境污染和資源浪費，創造綠色、可持續的農業生產模式。